不妊の原因となる遺伝子を除かずに子供を得ることは自然の摂理に反し、問題の先延ばしでしかないという批判がある。また、性交渉は子供を得るためのみに認めるとする宗教からは、人工授精などによって子供を得ることは教義の逸脱で認められないという批判もある。
また、非配偶者間人工授精などは家庭関係を複雑化させ、ひいては社会を不安定化させるといった批判がある。（→代理母出産を参照） その一方で、子供を望むのは人間として当然の権利であるという主張がされ、人工授精は少子化対策に有効であるという主張もある。
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体外受精については、子宮内に戻す胚の数は多胎による母子への負担（最悪、母子共に死に至る）を避けるため、一般的に1-3個程度に限定されている。日本産科婦人科学会は2008年2月、「原則1個とし、35歳以上、または2回以上続けて妊娠できなかった女性などは、2個戻すことを許容する」[1]との指針案を示した。
このとき、より多くの受精卵が得られた場合には冷凍保存または破棄することとなるが、受精卵や胚を「一つの生命」とみる立場からは、生命の選別や安易な廃棄は許されないなどという批判がある。
胚性幹細胞(ES細胞)の樹立（作出）にはこの余剰の胚が用いられえるが、人間の胚を実験に用いることには強い批判がある。
こうした問題については、生命倫理学で取り扱われている。