週刊少年サンデー：1964年6号?14号、1964年24号?1966年51号
別冊少年サンデー：1964年秋季号・12月号、1965年1月号
少年サンデー増刊：1965年正月号?1967年正月号
よいこ：1965年1月号?1967年6月号、1971年4月号?1973年4月号
幼稚園：1965年1月号?1967年3月号、1971年4月号?1973年2月号
小学一年生：1965年1月号?1967年2月号、1971年4月号?1973年3月号
小学二年生：1965年1月号?1967年2月号、1971年4月号?1973年2月号
小学三年生：1965年1月号?1966年10月号、1971年4月号?1973年2月号
小学四年生：1965年1月号?1966年11月号、1971年4月号?1973年3月号
小学五年生：1965年1月号?1966年10月号、1971年4月号?1973年3月号
小学六年生：1965年1月号?1966年10月号、1971年4月号?1973年3月号・6月号
小学館コミックス：1965年夏季号?1966年春季号
女学生の友：1966年1月号?12月号（番外編『オバケのP子日記』）
ボーイズライフ：1966年3月号
ビッグコミック：1969年3月号（『「オバケのQ太郎」あれから四年…』）、1973年2月25日号（『劇画・オバQ』）
めばえ：1971年4月号?1974年3月号
ベビーブック：1971年4月号?1973年3月号
小学館ブック：1966年7月号（創刊号）?1967年2月号
月刊少年ジャンプ：1976年5月号
絶版問題
本作は人気が高いにもかかわらず、1988年を最後に単行本の増刷が止まっており、全て絶版となっている。『21エモン』や『エスパー魔美』等と違い文庫版や新装版も出版されておらず、2008年現在新作で買えるのはSF短篇集に収録された後日談である『劇画オバQ』と赤塚不二夫との合作である『オハゲのKK太郎』（竹書房文庫 『おそ松くん』22巻）、さらに藤子不二雄、赤塚不二夫、つのだじろうの3人の合作『ギャハハ西遊記』（赤塚不二夫漫画大全集 オンデマンド版 1960年代 その2 Web注文のみ）だけである。そのため、古本の価格は高騰し、1冊が数千?数万円で取り引きされることもある。絶版の理由は明確にされておらず、さまざまな憶測がある。
なお、2007年5月25日発売の『熱血!!コロコロ伝説』で、『新オバケのQ太郎』のみ別冊付録で文庫版サイズの単行本が復刊された。『新?』は著作権上、Fの単独作品という事になっているため、復刊が容易であるとの見解がある。
以下、諸説を示す。
著作権説
本作は藤子不二雄の二人のほかに、石ノ森章太郎やスタジオ・ゼロが関わっている。藤子不二雄がコンビを解散し、さらに石ノ森、スタジオ・ゼロが関わっているため、四者の間で著作権料の割合で揉めているのではないかという説。
ただし、台湾や香港では1997年頃までは公式に単行本が発売されていたし、CSなどでもコンビ解消以前の「藤子不二雄」とクレジットが入った上で、現在でもアニメ（3作目）が放映されているため、漫画の単行本が出ない理由とするにはこの説は弱い。また、石ノ森・藤子A合作（風田朗とスタジオ・ゼロ名義。藤子F他スタジオ・ゼロ系の漫画家も一部手伝っていた）の「レインボー戦隊」は、現在石森プロ（石ノ森のプロダクション）に権利があり、「石ノ森章太郎萬画全集」で復刊が決まっている。この場合はメインが石ノ森、藤子Aがアシスタントという立場で、本作の場合はその逆、というような形で捉えることも出来、権利問題が原因ならレインボー戦隊が出版されているのはこれも矛盾するとも言える。
ライターの安藤健二は新潮45（新潮社）2004年11月号でこの問題を取り上げ、追加取材を行なって『封印作品の謎2』として2006年に出版。それによると、スタジオ・ゼロからコンビ解消前の藤子不二雄と藤子スタジオへ著作権は戻され、石森プロも『オバケのQ太郎』の著作権に関して主張したことはないとして、石ノ森やスタジオ・ゼロとの著作権問題という説は否定されている。小学館では「作者サイドが表に出さない事にしている」と主張。原作者サイドの藤子スタジオは「藤子プロに任せている」、そして藤子プロは「権利問題ではなく作者の意志を守りファンを優先に活動している」、「遺された作品が膨大なので今はたまたま出していないだけ」という見解であった。
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